En Super Mario Maker para Nintendo 3DS, de lo que se trata es de jugar niveles de Super Mario en cualquier momento y en cualquier lugar.
Hay un montón de posibilidades de juego desde el principio, gracias a los 100 niveles creados por Nintendo que vienen con el juego. En estos niveles también hay retos extra, como recoger todas las monedas de un nivel o derrotar a todos los enemigos antes de llegar hasta el banderín. Al completar estos retos extra, recibirás medallas.
Al igual que en la versión para Wii U de Super Mario Maker, en esta versión los jugadores pueden crear sus propios niveles de Super Mario con total libertad. Se incluyen todas las herramientas y elementos de los niveles que hay en la versión para Wii U, a excepción del champiñón ? y los disfraces de Mario.